Software: Mecánica Molecular

Programas gratuitos (shareware, freeware y public domain) Consulte a su distribuidor
Gratuitos (o casi) para académicos

Mecánica Cuántica - Visualización - Análisis - Espectroscopía - Cristalografía
Editores de Moléculas - Bases de Datos - Síntesis Química - Varios - Antivirus - Compendios


Nombre del programa
Distribuidor
Plataforma de uso
Funciones del programa
AccuModel MicroSimulations Windows95/NT, PowerMac Modelado molecular para diseño molecular con MM3
Alchemy 2000 Cherwell Scientific Windows 3.x y 95 Modelado molecular que incluye mecánica molecular y visualización para moléculas pequeñas y macromoléculas. Incluye herramientas de análisis como base de datos local, hoja de cálculo y graficación
Amber School of Pharmacy, Attention: Elena Jahouach Department of Pharmaceutical Chemistry Mission Bay Campus University of California UCSF Box 2240 600 16th Street, Room N-457 San Francisco, California 94143-2240 FAX: (415) 514-3866 email: jahouach@cgl.ucsf.edu Código fuente en fortran y C AMBER refers to two things: a set of molecular mechanical force fields for the simulation of biomolecules (which are in the public domain, and are used in a variety of simulation programs); and a package of molecular simulation programs which includes source code and demos. The current version of the code is AMBER version 7, which is distributed by UCSF subject to a licensing agreement as described below.
AmberFFC version n° 1.3 Oxford Molecular Código fuente en fortran y C Campo de fuerza para la simulación de biomoléculas
AM 2000 AM Technologies, Inc. UNIX Software para modelado macromolecular
ANTAS (links)

Ligas para Química computacional y modelado molecular.
BABEL University of Arizona Unix (AIX, Ultrix, Sun-OS, Convex, SGI, Cray, Linux),MS-DOS, and Macs running at least System 7.0. Babel es un programa diseñado para interconvertir numerosos archivos a formato de uso común en modelado molecular
CAChe Satellite Oxford Molecular Windows Desplegado molecular, acceso a través de red, cálculo de propiedades químicas
CHARMM Harvard University Fortran Mecánica y dinámica molecular para macromoléculas
Chem123 MicroSimulations Windows95/NT Modelado molecular para diseño molecular
CORINA Computational Chemistry Center Erlangen SGI (R4400), IRIX 5.3 A rule and data based system, that automatically generates three-dimendional atomic coordinates from the constitution of a molecule as expressed by a connection table, powerful and reliable to convert large data bases or several hundreds of thoysand or even million of compounds.
DelPhi (versión académica) Columbia University Código fuente Soluciona la ecuación de Poisson-Boltzmann, que es usada para obtener campos electrostáticos y potenciales de biomoléculas. Calcula energías de enlace de fármacos potenciales que pueden ser rediseñados para una unión óptima con la biomolécula blanco.
DL_POLY Daresbury Laboratory, UK Código fuente Paquete de simulación de dinámica molecular paralelo.
Fantom University of Texas Medical Branch at Galveston, Human Biological Chemistry and Genetics Department Código fuente para UNIX Calcula conformaciones de polipéptidos y proteínas de baja energía conformacional con restricciones de experimentos de RMN. Además, modelado molecular.
Galaxy AM Technologies, Inc. SGI, IBM RS/6000 Modelado molecular y diseño de fármacos tanto para molécula pequeña como para estructura de proteína
GETAREA 1.0 beta University of Texas Medical Branch at Galveston, Sealy Center for Structural Biology Código fuente para UNIX Calcula el área de superficie accesible en solventes, energia de solvatación atómica y los gradientes para macromoléculas
GMMX Serena Software SGI Minimización de energía estérica con el campo de fuerza MMX
Gromacs 1.3 University of Groningen UNIX, código fuente en C Dinámica molecular en paralelo
GROMOS Cray Research, Inc. UNICOS/Cray Dinámica molecular para el estudio de sistemas biomoleculares cuyo propósito es simular moléculas arbitrarias en solución o en estado cristalino por dinámica molecular o dinámica estocástica
Hingefind University of Illinois at Urbana-Champaign UNIX Programa para investigar movimientos de dominios en proteínas
HyperChem Hypercube, Inc. Windows Mecánica molecular
ICM 2.7 Molsoft, LLC. SGI, DEC, Windows 95 Modelado molecular y optimización de geometrías en sistemas multimoleculares colocados arbitrariamente. Predicción de rearreglos moleculares en biopolímeros
Insight/Discover Molecular Simulations SGI Modelado molecular
Interchem Interprobe Chemical Services SGI Modelado molecular con mecánica molecular y cuántica para sistemas pequeños y grandes
MacroModel 6.0 Department of Chemistry, Columbia University SGI, IBM RS/6000, X Modelado de moléculas orgánicas y bioorgánicas. Mecánica y dinámica molecular
MicroSimulations MDL Information System, Inc Windows, Mac El software trabaja de manera similar a Ass-In de ISIS dibujando compuestos químicos y se pueden visualizar en 3D.
ModelMaker CherwellScientific Windows Es un poderoso sistema de ventanas para diseñar, analizar y modelar procesos y sistemas.
Molecular Operating Environment (MOE) chemical Computing Group INC. Mac MOE shall be a computerizad enviroment dedicated to computational chemistry and bioinformatics in which scientific methodology can be rapidly protetyped, experimented with, verifier, deployed and effectively used.
Moldy keth Refson, University Research Assitant in mineral Physics. UNIX, PCs Es un programa que tiene el propósito de hacer simulaición por dinámica molecular.
Molecular Modelling Toolkit (MMTK) Python Mac The Molecular Modelling Toolkit (MMTK) is a program library for molecular modelling applications. Its aim is to provide researchers, especially those working on the development of new modelling methods, with a code basis that can be easily extended and modified to deal with standard and non-standard problems in molecular modelling.
MM3 QCPE IBM RS/6000 (aix), SGI (irix), Digital Alpha (osf), DEC (ultrix) Mecánica molecular/Allinger
Modeller Lab of Molecular Biophysics at Rockefeller University UNIX Programa para homología y modelado comparativo de estructura tridimensional protéica
MOIL-View 8.0 University of California at San Francisco SGI, IBM RS6000, código fuente en fortran Programa para visualizar y analizar estructuras, y dinámica molecular
Molgen Universität Bayreuth C, C++, OS/2, Windows, SUN Solaris/Motif Elucidación de estructura química: generador de isómeros configuracionales, minimización por mecánica molecular
MOLGEN CCL DOS Elucidación de estructura química: generador de isómeros configuracionales, minimización por mecánica molecular
MSI Web Lab Viewer WebLab PC, Macintosh, UNIX MSI es un método para simular via browsera de World Wide Web
NAB 1.1 Scripps Research Institute UNIX Lenguaje de manipulación: modelado de ácidos nucléicos
NAMD Theoretical Biophysics Group, Beckman Institute Código fuente en C++ Dinámica molecular: paralelo, orientado a objetos, para simulaciones de sistemas moleculares biológicos
Nemesis Oxford Molecular Windows, Mac Modelado molecular, búsquedas conformacionales
PCMODEL Serena Software SGI Modelado molecular
PIFF Interprobe Chemical Services SGI Mecánica molecular con campo de fuerza PI-Force-Field: diseñado para moléculas con electrones pi deslocalizados
PIMM
SGI, IBM y DEC workstations, IBM3093, i386 pc's Es un programa que combinación de SCF y mecánica molecular para molecular orgánicas y complejos con parametros.
Quanta - CHARMm Molecular Simulations SGI Modelado molecular
Sculpt Interactive Simulations SGI, Mac Modelado molecular, simulación y diseño de fármacos
Spartan - MM3 Wavefunction Inc. SGI, IBM RS/6000, DEC Alpha, HP Apollos, Mac Modelado molecular, incluye mecánica molecular
STR3DIMW Exorga, Inc. DOS, Windows Modelado molecular con campo de fuerza QVBMM para moléculas bioorgánicas como sacáridos, amino ácidos, nucleósidos y sus polímeros
Sybyl Tripos UNIX Modelado molecular
SymApps 1.0 Cherwell Scientific Windows 95 o NT Programa para diseño y visualización de moléculas. SymmApps es ideal para presentaciones y publicaciones.
TINKER Washington University School of Medicine in St. Louis, Missouri Código fuente en fortran 77 Mecánica molecular con los potenciales de MM2, MM3, AMBER-95, AMBER/OPLS, CHARMM22 y el propio de TINKER. Dinámica molecular
VMD (Visual Molecular Dynamics) Beckman Institute SGI. Puede ser compilado para HP-UX, AIX. Dinámica molecular: visualización y análisis.
Xmol ver 1.5 Network Computing Sevices, Inc. DEC Alpha, SGI IRIS-4d, IBM RS/6000, Linux Windows y Macintosh Paquete de modelado molecular en 3D con animaciones y cálculos de distancias entre átomos, ángulos de enlace y ángulos torsionales
Yak Swiss Federal Institute of Technology, ETH Zürich UNIX Modelado con seudo-bioreceptor: con el concepto de seudoreceptor se construye un modelo de receptor que imite las interacciones ligando macromolécula


Página principal de Software

Página Casa ReLaQ

Comentarios o adiciones webmaster@relaq.mx